방사능 논란 및 일본의 경제제재, 욱일기 문제로 인해 일각에서 대한민국 선수단의 도쿄 올림픽 불참을 주장하고 있으나, 이해찬 더불어민주당 대표가 '올림픽 불참은 안된다.'는 입장을 내놓았다. 하지만 도쿄 올림픽에 대한 여론이 악화되면서, 불참 가능성에 대한 기사가 계속 나왔다.
하지만 대한체육회에 따르면 보이콧은 어렵고, 문화체육관광부는 더불어민주당에 도쿄 올림픽에 참가해야 한다는 의견을 전달했으며 이 결정은 대한올림픽위원회(KOC)와 의견을 공유한 결과라고 밝혔고, 문재인 대통령의 광복절 경축사에서도 도쿄 올림픽에 대해 "우호와 협력의 기틀을 굳게 다지고, 공동 번영의 길로 나아갈 절호의 기회"라고 밝혔기에 보이콧은 어려울 전망이다.
이후 2021년 5월에 접어들어 일본이 올림픽 홈페이지의 지도에 독도를 자국의 영토인 양 표기를 하자 이낙연, 정세균 전 국무총리, 이재명 경기도지사 등 일부 여권 정치인을 중심으로 도쿄 올림픽 보이콧이 거론되고 있다. 특히 2012 런던 올림픽 축구 경기와 2018 평창 동계올림픽 당시와는 다른 IOC의 미적지근한 태도에 보이콧에 대한 여론이 어느 정도 힘을 얻고 있는 상황이다. 실제 최근 여론조사에 따르면 보이콧 찬성 여론이 67.6%, 반대 여론이 21.9%로 찬성 여론이 압도적인 상황이다.
현실적인 문제점을 따져 보자면 이 기사에서 볼 수 있듯 독도 영유권 문제로 도쿄 올림픽을 보이콧하면 제재 대상이 된다. 최소한 2022 베이징 동계올림픽, 2022 항저우 아시안 게임, 2024 파리 올림픽에서 개인 자격으로 출전해야 할 수도 있으며, 심한 경우 그 이후에도 국가대표 자격으로는 출전하지 못할 수 있다. 더불어 4+1년 동안, 아니, 평생을 피와 땀과 눈물을 마지막 한 방울까지 쥐어짜내며, 매일 생사를 넘나드는 고된 훈련을 감당하며 힘과 기량을 갈고 닦아온 선수들의 입장을 생각해서 감정 앞세워 보이콧을 거론하는 것은 바람직하지 않다는 주장도 존재한다. 보이콧에 대한 제재 및 불이익은 아래와 같은데, 하나같이 대한민국의 외교력에 방해가 되는 것들이다.
개회식 때부터 'Republic of Korea' 대신 'Olympic Athlete from Korea'라는 이름을 앞세워야 한다. 메달 획득시에도 태극기 대신 오륜기가 게양되고, 금메달 획득 시에도 애국가 대신 올림픽 찬가가 연주된다.
대외적으로 '국가대표'를 인정받지 못하는 것이므로 예술체육요원 편입 요건에도 혼선이 올 수 있다. 편입 요건에서 제외되는 경우 국가대표를 그만둘 선수가 속출하게 되고, 이는 향후 스포츠 인프라에도 큰 악영향이 된다.
대한민국의 메달 기록이 금0 은0 동0이 되는 것이므로, 한일전에서 일본에 완패하게 된다.
독도를 명분으로 보이콧하면 제재 대상이 되지만, 코로나19로 불참할 명분은 충분하고 전염병을 명분으로 불참하는 것은 IOC의 제재 대상에 포함되지 않을 수도 있다. 하지만 북한의 선례가 있을 뿐만 아니라, 전염병과 관련한 예외 규정을 IOC에서 마련하지 않았기에 이마저도 어려운 일이다. 당장 북한이 코로나19 방역을 이유로 2022 FIFA 월드컵 카타르 지역예선 남은 경기를 모조리 기권했고, 이 때문에 제재를 받은 바 있다. 만약 미국이나 유럽 등 선진국까지 전염병 때문에 단체로 불참 선언한다면 혹시 모르겠지만, 다른 국가에서는 2022 베이징 동계올림픽과 관련한 보이콧 논쟁이 일었을 뿐이었다.
결국 대한민국 역시 보이콧은 하지 않았고, 2021년 7월 8일 예정대로 도쿄 올림픽 선수단 결단식이 열렸다.
