2021년 1월 20일 정의당 신년 간담회에서 김종철은 세간에서 화제가 된 알페스 문제에 대해 질의를 받고 자신의 입장을 표명했다. 그는 "알페스는 저도 들었으나 솔직히 잘 알고 있지는 못하다"며 일축하면서도 이어서 "(남성들에 의한 알페스 논란 점화가) 성폭력으로 여성이 고통받고 있는 현실을 무마하기 위한 것으로 쓰여서는 안 된다." 며, 이슈 당시 여초 사이트 및 트위터 진영에서 주장했던 '남자들의 알페스 이슈화가 다른 여성 관련 담론을 희석시킨다.'는 주장에는 또 동조했다.
그는 "사회의 압도적인 권력 구성은 여성에게 불리하게 돼 있는 것이 사실이다."라며 "폭력 피해자의 압도적 다수가 여성"이라고 강조했다.
위 간담회에서 5일 지난 2021년 1월 25일, 정의당 젠더인권본부장인 배복주 부대표는 이날 오전 국회에서 브리핑을 하고 “오늘 당원 여러분과 국민 여러분께 매우 부끄럽고 참담한 소식을 알려드리게 됐다”며 “지난 1월 15일 발생한 정의당 김종철 대표의 성추행 사건으로, 피해자는 같은당 소속 국회의원인 장혜영 의원”이라고 전했다.
사건 경위를 보면, 1월 15일 저녁, 여의도에서 같은 당 장혜영 초선 의원과 당무상 면담을 위해 저녁식사를 가졌다. 면담은 순조롭게 진행되었으나, 면담 종료 후 나오는 길에서 김종철 대표가 장혜영 의원에게 성추행을 하였다. 피해자인 장혜영 의원은 고심 끝에 1월 18일 젠더인권본부장 배복주에게 해당 사건을 알렸고, 그 이후 수차례에 걸친 피해자-가해자와의 면담을 통해 조사를 진행했다.
김종철 대표는 이 사건의 책임을 지고 전격 사퇴하기로 하였으며, 장혜영 의원에 따르면 형사고소는 진행하지 않기로 하였다고 한다. 원내 주요정당의 현직 당대표가, 그것도 현직 국회의원을 상대로 한 성추문에 휩싸인 것은 더불어민주당 계열이나 국민의힘 계열에서도 찾아보기 힘든 유례없는 일이며, 정의당 내에서는 이를 두고 당을 "발전적 해체"하는 것이 어떠냐는 주장까지 나오고 있는 상황이다.
특히 딱 5일 전에 알페스 공론화 사건을 여성혐오 구도로 몰아가려는 발언을 하자마자 사건이 터져 각종 조롱을 받고 있다. 정확히 말하면 성추행 사건 발표가 25일이지 발생한 건 15일이고 알페스 관련 발언이 20일이므로, 본인이 성추행한 후에 저런 발언을 한 것이다.
