천안함 음모론
2017년 6월 1일 국정기획자문위원회에 제출한 제안서에서 천안함 피격사건이 북한에 의한 폭침이 아닐 가능성을 주장하며 북한까지 참여한 전면 재조사를 요구하였다.
이에 국민들은 왜 아직도 참여연대가 계속 천안함 진상 재조사하자는건지 참여연대를 이해할 수 없단 이야기가 나오고 있고 2010년 6월 고(故) 민평기 상사를 잃은 윤청자(67) 씨와 형 민광기 씨가 17일 오전 참여연대를 찾아 무릎을 꿇은 채 근거 없는 의혹 제기를 중단해달라고 호소했지만 이태호 처장은 "저도 이 사건이 났을 때 백이면 백 북한이 한 거라 생각했다. 그런데 정부가 하는 짓을 보면 모르겠다. (국방부가) 자꾸 말을 바꾸고 감사원 결과로도 허위로 (보고)한 게 드러났다"고 주장한다.
특히나 2010년 한국·미국·영국·호주·스웨덴 등 5개국 전문가 73명으로 구성된 합동조사단이 내린 결론은 중간조사와 동일했다. 북한 어뢰 추진체가 발견됐고 인양된 천안함에서 어뢰 공격 흔적도 발견됐다. 그런데도 참여연대는 2012년 3월 천안함 2주기를 앞두고 발표한 성명에서도 `특별위원회 구성을 통한 진상 조사`를 요구했다. 참으로 어이가 없는일이다. 오죽하면 천안함 유가족들이 저런 의혹을 말하는 시민단체를 찾아가 무릎까지 꿇으면 의혹제기를 중단해달라고 요구를 무시하며 저리 계속 천안함 진상 재조사하자는 황당한 요구에 유가족들에게 계속 상처를 주는지 알수가 없다.
친정부화
2017년 10월엔 촛불은 계속된다 사전대회에 참가한다 밝혀 논란을 빚었다. 이에 대해 '이번 집회는 청와대 행진이 가능하게 된 승리의 경험을 재현하기 위함이다.'라는 의견을 표명했다.
참여연대 출신인 김기식에 대해서 아무런 입장을 밝히지 않아 내로남불이냐고 엄청난 비판을 받고 있다. '권력에 대한 감시와 견제'가 사명이라는 단체가 이번 사건에 관해서는 입을 다물고 있는 것이다. 공무원의 외유성 해외 출장에 관하여 이들은 지난 2014년에는 "반드시 기억해서 다음 선거 때 낙선 운동 후보 선정 기준 중 하나로 삼을 필요가 있다", 2016년에는 "피감기관과의 접촉 때문에 과연 국회가 견제기능을 제대로 하고 있는지 의심받을 수밖에 없다" 라고 비판하였으나 이번 김기식의 해외출장에 관해서는 입장을 내놓지 않고 "담당자가 자리를 비웠다"라는 말로 일관하고 있다가 12일에와서 "매우 실망스럽다" 라고 하였다. 그러나 야당과 언론에서 제기하고 있는 의혹과 당사자의 해명이 엇갈리는 부분이 있어 사실관계를 검토하여 최종입장을 내겠다며 입장 표명이 지체되더라도 기다려달라 하였다. 그리고 덧붙이기를 야당과 본지 등 일부 언론들이 이번 일을 빌미로 일제히 참여연대에 대한 전방위적인 공격에 나섰다며 "음해에 관해 법적 대응을 비롯한 모든 조치를 강구하겠다"고 했다.
조국, 안경환, 장하성, 김상조, 김기식 등 청와대와 내각에 참여연대 출신 인물들이 다수 진출하다 보니 박관천 전 청와대 행정관의 발언을 패러디한 "대한민국 대학 서열이 어떻게 되는지 아느냐? 1위가 참여연대, 2위가 시위대이며, 서울대는 3위에 불과하다"라는 드립도 나왔다.
가스통 사건
참여연대의 통인동 사옥 앞에서 2010년 6월 17일 대한민국고엽제전우회 에서 시위를 하다 한 할아버지가 가스통을 차 앞에달고 돌진한 사건 ...무섭다.