과거 선수과 지도자로서 좋은 성과를 내면서 실력을 인정받았던 유능한 지도자였지만 후술할 사건 사고들로 추악한 모습들이 밝혀지면서 이미지가 다시는 돌이킬 수 없이 망가졌으며, 결국 축구계에서 제명되었다.
사안이 사안인 만큼 하금진처럼 축구계 복귀는 사실상 불가능해 보인다.
연세대 1학년을 마친 뒤 1985년 포항 스틸러스 입단을 통해 프로에 데뷔하였으나 이 시기에는 그다지 축구에열정을 보이지 않았던 탓에 2군으로 떨어지면서 사실상 축구를 포하면서 팀에서 방출되었고, 이휴 서울 용산구 이태원에 카페를 차려 유흥가 사장으로 활동했다고 한다.
이후 1987년 1월 상무 입대를 했고 제대 뒤 1989년부터 1994년까지 6시즌동안 울산 현대에 입단하였다.
하지만 동계 훈련때 뛰지 않고 주머니에 오징어 넣고 가서 질겅질겅 씹으면서 살살 산책이나 하는 등의 기행을 보이면서 차범근 감독과 사이가 좋지 않았고, 이로인해 정종선은 이적을 요구했지만, 차 감독의 이적 불가 방침으로 울산을 떠나지는 못했다.
이후 정종선은 나름대로 실력을 인정받아 137경기를 소화하면서 K리그와 리그컵에서 준우승을 1차례씩 경험했다. 이후 1995년부터 1997년까지 전북 현대 모터스에서 3시즌을 뛰었고 1998년 FC 서울에서 12경기만 뛰고 선수 생활을 마감했다. 국가대표로는 1993년부터 1994년까지 9경기를 뛰었고 그 가운데 1994 FIFA 월드컵 미국 국가대표로 발탁되어 활약하기도 했다.
현역에서 물러난 후 2001년 언남고등학교 축구부의 코치로 부임했고 1년 후인 2002년 언남고 축구부 감독으로 선임된 이래 자율 축구를 표방하며 돌풍을 일으켰고, 각종 대회에서 팀을 여러차례 우승으로 이끌며 지도력을 인정받았다.
이후 한국고등학교축구연맹의 부회장을 거쳐 2016년 12월 29일 한국고등학교축구연맹의 새 회장으로 선임되기도 하였다.
또한 성적 이외에도 김민우, 최성근, 조영욱 등 실력 있는 선수들을 많이 발굴 및 배출하기도 하였다.
여기까지만 보자면 나름대로 실력 있는 축구인의 선수 경력과 지도자 경력을 소개한 것처럼 보이겠지만 사실 이 자의 항목이 작성된 이유는 바로 아래의 사건사고 때문이다.
2019년 2월, 언남고 감독을 맡으면서 학부모들에게 수억 원을 갈취하여 가로챈 혐의로 경찰의 수사가 시작되었다. 수년 동안 학부모들로부터 축구팀 운영비를 빙자하여 돈을 뜯어냈으며, 이 중에는 퇴직금 적립비와 김장비 등 운영비 외적인 명목으로 갈취한 돈만 10억 원에 달하는 것으로 알려지고 있다. 더욱 경악스러운 것은 횡령 범죄를 수사하던 도중, 고교 선수들의 학부모들을 상습적으로 추행도 아닌 성폭행을 수시로 자행한 혐의가 추가로 발견되어 수사가 확대되었다는 것.
개중에는 아들에게 문제가 있다며 상담을 명목으로 학부모가 학교를 방문하도록 하여 그 자리에서 완력으로 정종선 씨에 의해 강간당했다는 증언도 나왔다. 동시에 이 문제로 인해 전학을 가게되면 아들을 프로로 데뷔할 수 없도록 매장시켜버리겠다는 협박까지 가했다고 한다. 또한 선수들의 입시 및 프로 데뷔에 절대적인 영향력을 쥐고 있어 피해를 입은 학부모들도 성폭력 피해를 외부에 알리기 어려웠다고 한다. 이외에도 '감독이랑 학부모랑 똑같이 먹냐? 언제부터 이렇게 됐냐'며 감독과 학부모들이 같은 음식을 차려먹는 것을 거부하고, 속옷 빨래와 청소, 심지어 개밥 챙기는 일까지 학부모에게 시키는 황당한 갑질을 일 삼았다는 증언도 나왔다.
이러한 천인공노할 의혹에 대해 정종선 씨는 해당 사건을 취재하던 JTBC 취재진에게조차 해명을 거부했었고, 보도 뒤 변호사를 통해 입장문을 내고 횡령과 성폭행 혐의는 모두 사실이 아니라고 주장했으나 현재 정종선 씨는 출국금지 조치가 내려졌고, 곧 구속영장이 발부될 예정이다. 또한 대한축구협회는 긴급회의를 열어 정종선 씨의 연맹 회장직 박탈 여부를 논의하겠다고 밝힌 상황이고, 그 결과 1차적으로 직무정지 및 피해자들에게 접근금지 징계를 내렸으며, 26일에 최종적인 징계 수위를 정한다고 밝혔다.
하지먼 대기발령 처분에도 학부모들과 술자리를 지속적으로 가지고 언남고 축구부 경기 때도 작전을 지시하는 등 무소불위의 권한을 가지고 있다는 사실이 밝혀지면서 또다시 논란이 되얶다.
결국 2019년 8월 26일부로 축구인으로서 영구제명되었다.
