김재원은 2017년 과거 정무수석 시절 청와대 불법 여론 조사 비용을 국정원이 대납하게 했다는 혐의로 국정원 특활비 상납 사건에 연루되어 피의자 신분으로 검찰 조사를 받았다. 때문에 잘못하면 자신의 의원직이 날아갈 큰 위기에 처했다. 기소되면서 당협위원장 및 경북도당 위원장 직도 잃었다.
2018년 6월 19일 김주수 전 차관의 음주운전사건에 외압을 행사하여 기소강도를 낮췄다는 셀프 자백 영상이 올라왔다. 단순 음주운전도 아니고 인명피해가 발생한 데다 사후처리도 안 한 뺑소니 사건이라 당시에 벌금형에 그쳤던 것도 여론에서 논란이 되었는데 이 솜방망이 처벌의 뒤에 자신이 있었다고 스스로 밝힌 것. 참고로 제7회 지방선거 직후 동영상이 공개돼 최근의 일로 착각할 수 있지만 실제 발언의 시점은 4년 전인 제6회 지방선거 지원 유세과정에서 한 것이다. 다만 이 사건은 사실이라 해도 2005년 사건이라 이미 공소시효가 지나 현실적으로 처벌은 어려운 상황이다.
2019년 8월 1일 예산결산특별위원회 위원장이나 되면서 추경 심사 중에 음주를 했다는 정황까지 드러났다. 추경 관련 브리핑 중에 얼굴이 빨개지고 음주를 한 것 같다는 느낌이 든 기자들이 그러한 질문을 하면서 음주 의혹 보도가 나왔다. 음주를 했냐는 기자의 질문에 김재원 의원은 답하지 않고 자리를 떠났다고 한다. 2일, 기자들이 다시 묻자 "어제 저녁에 원래 전혀 회의가 예정돼 있지 않았다. 할 말 없다"며 자리를 피했다고 한다. 한 기자가 문자로 이 의혹에 질문을 하자 김 의원이 문자로 "죄송"이라 답장을 보내는 장면이 사진으로 찍혔다.
이후 자유한국당은 공보실을 통해 김재원이 일과 시간 후 당일 더이상 회의는 없을 것으로 판단하였고, 그로 인해 지인과 음주를 한 것으로 확인됬다고 통보되었다.
결국 황교안에 의해 엄중 주의 조치가 내려졌다.
자유한국당에 당적을 두고 있고 당의 의견이 문재인 정부에서 실행하는 추경 예산을 줄이는 입장이다보니 추경 예산 삭감을 주장하고 있었지만, 한편으론 자유한국당 의원에게만 지역 핵심사업을 취합해달란 공문을 돌려 논란을 만들었다.
2019년 4월 패스트트랙 표결 반대 당시 표결을 위한 투표를 방해하기 위해 투표소에 틀어박혀 나오지 않는 치졸한 행위를 벌이기도 했다.
국회 로텐더홀에서 잠을 자는 모습이 포착됐다. 또한 담요를 깔던 여성 보좌진에게 담요를 치우라고 갑질도 했다.
