1972 뮌헨 올림픽, 이스라엘 선수단 11명이 선수촌에 잠입한 팔레스타인 테러 조직 검은 9월단에 처참하게 살해당하자, 당시 이스라엘 수상인 골다 메이어는 "눈에는 눈, 이에는 이!"라며 '신의 분노'라는 복수 작전을 계획한다. 뮌헨 테러의 배후라고 알려진 11명의 팔레스타인 명사들을 보복으로 암살하는 것.
임신한 아내를 둔 독일계 이스라엘인 모사드 요원 아브너 카우프만이 암살팀을 이끌 팀장으로 선발되고 유사시에 이스라엘 정부의 책임을 부인하기 위해 공직을 그만 둬서 민간인 신분으로 위장했다. 주인공 아브너, 행동대장 스티브, 폭탄제조담당 로버트, 문서위조담당 한스, 뒷처리담당 칼 이렇게 선발된 5명의 정예 요원들은 공식적으로는 민간인 신분으로 유럽에 잠입했다.
첫번째 목표는 로마에서 시인 노릇을 하던 와엘 즈와이터. 암살팀은 천일야화 낭독회를 진행한 후 마트에서 장을 보고 집에 돌아가는 그를 미행하여 아파트 엘리베이터 앞에서 총으로 쏴 사살한다. 이후 이들은 첫번째 성공에 고무되어 축배를 들고 춤까지 추며 기뻐한다.
두번째 목표는 저널리스트 마흐무드 함샤리. 이때부터 암살팀은 수상할 정도로 정보력이 뛰어난 프랑스인 정보상 루이에게서 암살 목표들의 정보를 비싸게 구입하여 암살에 착수한다. 루이는 특정 정부를 위해 일하지만 않는다면 누구와도, 즉 PLO와도 협력한다고 했고 아브너는 이스라엘 정부가 아닌 미국 갑부가 배후라고 둘러대고 루이와 거래 관계를 맺는다.
마흐무드 함샤리는 아내, 어린 딸과 함께 살고 있었는데 암살팀은 전화기에 폭탄을 설치한 뒤 칼이 전화를 걸어 함샤리가 전화를 받는 순간 폭탄이 터지도록 계획한다. 그러나 계획이 꼬여서 마흐무드 함샤리가 아닌 그의 딸이 전화를 받았고, 수화기 건너에서 딸의 목소리가 들리자 놀란 칼이 전력질주해서 기폭장치를 가진 팀원들에게 달려가 애꿎은 꼬마의 죽음을 간발의 차로 막았다. 이후 재차 시도하여 이번엔 함샤리에게 중상을 입혔고 그는 며칠 후 치료 중 사망한다.
세번째 목표는 KGB의 끄나풀인 후세인 아바드 알히르. 암살팀은 그의 호텔방 침대 밑에 폭탄을 설치했고, 아브너가 그의 옆방에 체크인해서 그가 눕는 것을 확실히 확인한 뒤 기폭하기로 한다. 아브너는 발코니에서 옆방의 후세인 아바드 알히르, 그 건너편 방의 신혼부부와 잠시 잡담을 하게 되는데 알히르는 예상 외로 교양 있고 친절한 사람이었다. 아브너는 그 후 잠시 고민하다가 불을 꺼서 기폭장치를 가진 팀원들에게 신호를 보냈다. 그런데 폭약의 위력이 예상보다 너무 강했고, 알히르가 즉사한 것은 물론 폭발을 예상하고 대비한 아브너는 경상만 입었지만 건너방에서 섹스 중이던 신혼부부도 폭발에 휘말려 그 중 여자는 눈을 실명당하는 큰 부상을 입는다. 어린이를 거의 죽일 뻔 하고 무고한 민간인들에게 중상을 입히자 강경 시온주의자인 스티브 외의 팀원들은 작전에 회의를 가지고 흔들리기 시작한다. 또한 로버트는 루이가 요청보다 훨씬 강한 폭약을 줬다며 그가 작전을 망치려는 게 아닌가 의심한다.
루이는 뒤이어 아드완, 나세르, 유세프 3명의 정보를 동시에 넘긴다. 문제는 이들이 레바논의 베이루트에 있다는 점인데, 상관인 에프라임은 암살팀에게 유럽 밖의 타겟은 특수부대가 맡으테니 유럽 내 타겟만 암살하고 신경쓰지 말라고 했다. 하지만 루이가 정보를 판 직후 저 3명이 이스라엘군에게 살해당하면 아브너가 사실은 모사드라는 것이 명백해질 것이고 루이와의 거래도 끝장나는 상황. 아브너는 에프라임을 설득하지만 그는 요지부동이었고 어쩔 수 없이 암살팀은 특수부대와 함께 거하게 총격전을 벌여가며 3명을 모두 살해한다.
유럽에 온 뒤 이 사건에 대해 추궁하던 루이는 아브너를 자신의 조직 수장인 '아버지'에게 데려가 소개시켜준다. 그는 나치 독일에 맞서 레지스탕스 활동을 하며 모든 가족을 잃었지만 그 희생을 대가로 샤를 드골만 이득을 봤기에 모든 정부를 싫어하게 되었다며 아브너를 한 번 용서해주고 직접 만든 요리들도 대접한다.
루이가 정보를 제공한 다음 타겟은 자이드 무사시. 처음에 타겟 11명 리스트에 없던 인물인데, 알히르가 사망한 뒤 후임이 된 KGB 끄나풀로 더 강경한 자라고 한다. 암살팀은 계획에는 없었지만 그를 죽이기 위해 아테네로 떠나며 루이에게서 아테네의 안전가옥을 빌린다.
그런데 루이가 실수로 예약을 중복으로 잡았는지, 같은 날에 같은 안전가옥을 빌린 PLO 조직원들이 들어오고, 암살팀은 기지를 발휘해 자신들을 PLO와 적대 관계가 아니며 오히려 협력 관계에 가까운 ETA(바스크 조국과 자유), IRA, ANC(아프리카 국민회의), 서독 적군파라고 둘러대고 PLO와 같은 집에서 하룻밤을 묵는다.
아브너는 공산주의자 흉내를 내면서 PLO 측 리더인 알리와 잠시 대화를 나누는데, 알리는 '우리는 너네 사상에는 관심없다. 집이 없다는 사실이 어떤 것인이 아나? 유대인들처럼 우리도 100년이 걸리더라도 나라 있는 국민이 되기 위해 싸울 것이다.'라는 식으로 말한다. 알리는 아직 아브너가 유대인인 걸 모르니, 아브너를 민족주의를 부정하는 공산주의자라고 생각하고 그런 그에게 나라 없는 민족의 슬픔을 말한 것이다. 하지만 관객들이 듣기에는 사실상 팔레스타인인들의 상황과 과거 유대인들의 상황이 크게 다르지 않은 것임을 상기시켜주는 부분.
이후 암살팀은 TV에 폭탄을 설치해서 무사시를 죽이려 하는데, 기폭장치에 문제가 생겼는지 폭탄이 터지지 않는다. 결국 이판사판으로 한스가 무작정 돌진해서 수류탄을 던져 무사시를 죽이고 총격전이 발생하여 KGB 요원과 아브너와 대화했던 PLO 조직원 알리를 포함한 여럿을 사살한 뒤 간신히 탈출한다. 상황종료 후 로버트에게 지난번에는 폭탄이 너무 약하거나 강하더니 이번에는 심지어 불발이냐고 추궁하자 로버트는 사실 자신은 폭탄해체 전문이고 폭탄제조는 잘 모른다고 고백한다.
다음 타겟은 런던에 머무는 알리 하산 살라메. 정보상 루이에 의하면 그는 미국에는 공격을 하지 않는다는 조건으로 CIA에게 보호를 받고 있다고 알려주지만 암살팀은 알고도 암살을 강행하려 한다. 암살팀원들이 살라메에게 총을 쏘기 직전, 갑자기 취객들이 나타나 아브너에게 시비를 걸면서 타이밍을 놓치고 살라메는 현장을 빠져나간다. 그리고 살라메가 떠난 직후 그 취객들은 보란듯이 멀쩡히 걸어서 한 차에 타고, 암살팀원들에게 일제히 뻐큐를 날려 조롱하면서 떠난다. CIA는 암살팀의 머리 꼭대기에 있었던 것.
암살팀원들은 계속되는 암살 작전으로 무고한 희생자들에 대한 죄책감과 타겟을 죽여봤자 더 강경한 다른 인물이 자리를 채운다는 것에 대한 회의감으로 스트레스를 크게 받는다. 그러던 중 칼이 미녀 암살자에게 유혹당해 동침을 하러 갔다가 호텔방에서 알몸으로 처참히 살해당한다. 정황 상 아테네에서 자신들의 요원이 살해당한 KGB의 보복으로 보이는 상황.
나머지 대원들은 복수심에 불타서 타겟이 아님에도 복수를 하기 위해 루이에게 칼을 죽인 네덜란드 미녀 암살자의 정보를 구입한다. 한편 로버트는 계속된 스트레스와 칼의 죽음으로 정신이 불안정한 상태였고 그 여자를 찾아갈 이유는 없다며 잠시 팀을 떠나 혼자 지내기로 한다. 아브너, 스티브, 한스는 미녀 암살자의 집에 가서 총으로 쏴 살해한다. 그리고 아브너가 여자의 시신을 덮어두려 하자 한스는 가려줄 필요도 없다며 여자의 시신을 가슴과 음부까지 노출시킨 처참한 모습으로 두고 떠난다.
이후 한스는 그 여자를 죽인 뒤 시신까지 능욕할 필요는 없었다며 죄책감에 과음을 한 뒤 산책을 갔고, 그대로 공원에서 누군가의 칼에 찔려 살해당한 채 발견된다. 한편 로버트는 혼자 폭탄 작업을 하던 중 폭발 사고로 사망한다.
어느새 살아남은 팀원은 아브너와 스티브 둘뿐. 아브너는 폭탄이 있는지 보기 위해 방 안의 침대 매트리스, TV, 전화기를 죄다 분해하고, 침대가 두려워서 옷장에 들어가서 자는 등 극심한 불안 증상에 시달린다. 아브너와 스티브는 마지막으로 스페인에 있는 살라메의 주소를 알아낸 뒤 저격소총으로 죽이기 위해 찾아간다. 하지만 경비병에게 발각되어 간신히 탈출한다. 그리고 더이상의 작전 수행이 불가능했기에 귀국한다.
아브너는 이스라엘에 돌아오지만, 자신을 영웅시하는 신 베트 소속 이스라엘 군인들을 보고도 아무런 보람을 느끼지 못했다. 그래서 신분을 감추고 가족과 함께 미국으로 이민을 가지만, 아브너는 이제는 자신의 안전을 염려해야 하는 처지가 되었다. 정체불명의 조직뿐만 아니라 모사드마저도 비밀을 감추기 위해 자신을 죽일지도 모른다는 생각에 이스라엘 대사관까지 가서 난동을 부리기도 한다.
아브너의 모사드 상관 에프라임은 뉴욕에 아브너를 찾아와서 다시 모사드에 들어오라고 하지만 아브너는 거절한다. 아브너는 에프라임에게 자신들의 암살목표가 정말 뮌헨 테러와 연관된 인물들이었냐고 되묻지만, 에프라임은 아브너가 암살한 이들이 결국 뮌헨 올림픽 테러와 무관한 인물이었음을 인정한다. 아브너는 같이 저녁이라도 먹자고 하지만, 에프라임은 거절하며 어디론가 사라진다. 그러면서 맨해튼의 뉴욕시가지를 비추다가 세계무역센터에 고정되며 영화는 끝난다.
엔딩 자막으로 11명 중 9명이 암살되었으며, 아브너 팀이 노리던 살라메는 결국 1979년 암살당했음이 나온다.
영화를 보고 나서 포스터를 다시 보면 여운이 많이 남는데, 영화 초반부에 요원들 중 한 명인 칼이 '선배 요원 중 한 명은 침대에 폭탄이 있을까 무서워 여전히 옷장 속에서 잔다'는 이야기를 한 게 아브너에게 현실이 되어 영화 후반부에는 침대와 옷장을 발칵 뒤집어 엎어놓고는 의자에 앉아서 밤을 새우게 된다. 바로 그 장면을 포스터화 한 것... 결국 누가 먼저 시작했던지 간에, 서로 간의 보복이 계속되는 한 평화가 이뤄질 수 없는 유대인과 팔레스타인 관계를 잘 상징하고 있다.
