전광훈이 한기총 회장에 당선되었을 때 목사들이 안양대학교에서 항의시위를 하고 사문서 위조 혐의로 고소고발까지 검토한 일이 있었다.
그리고 2020년 연말연시에 2014년 대한예수교장로회(대신) 교단 총회장 선거 출마 당시, 그가 최종학력 증명 서류들을 위조해 제출했다는 의혹이 또다시 제기되었다.
기자들의 취재에 따르면 전광훈은 안양대학교 신학대학원에 1999년 8월 입학해 2000년 2월 졸업한 것으로 되어있으나 또다른 서류에는 5학기간 100학점을 이수했다고 되어있는 등 앞뒤가 맞지 않아 사문서 위조를 한 것으로 의심된다. 이에 대해 전광훈 측은 "정규 학위 과정이 아니었지만 학적 보존을 해준 것이다. 교회끼리의 일을 일반적 기준으로 판단해서는 안 된다." 라고 입장을 밝혔다. 일단 문서 위조는 사실상 인정한 셈. 또한 설교할 때 자기 대신 남동생을 대리출석켰다고 직접 발언한 동영상이 공개되기도 했다.
대학원뿐만 아니라 학사 학위에 대한 위조 의혹도 제기됐다. 전광훈은 자신이 1978년 서울특별시 영등포구 당산동 소재 '대한신학교/신학연구원'에 입학했고, 1984년에 졸업했다고 주장했는데, 2006년에 그가 발급받은 졸업장 양식이 당시 대한신학교(현재의 안양대학교)의 졸업장 양식과 판이하게 다르다. 기사에 언급된 안양대 관계자에 따르면 대한신학교는 1981년이 돼서야 신학교로 인정을 받았으므로 1978년 입학생은 정식 학사 학위를 받을 수 없을 뿐만 아니라 안양대의 전신이었던 대한신학교는 개명하기 전에 서울특별시 용산구에 위치해 있었기 때문에 전광훈이 졸업했다는 당산동의 대한신학교와는 상관이 없다고 한다. 그래서 전광훈이 정식 학위를 인정받을 수 없는 사설 비인가 학원에서 수업을 받았다는 의혹이 제기된다.
2020년 1월 8일에는 심지어 아예 대학교건 신학원이건 전혀 다닌 적이 없다는 의혹까지 제기되었다. 당산동 소재의 대한신학교 명단에도 전광훈이라는 이름이 없을 뿐만 아니라 이 시기에 해당 대학에 다녔던 사람들이 전광훈을 전혀 기억하지 못한다는 것.
2019년 12월 사단법인 평화나무에서 전광훈을 사문서위조 혐의(학위증명서 위조건)로 경찰에 고발했다.
