조선시대 시기의 고문헌 자료에서 울릉도와 독도 인근에 서식한 바다사자들은 가지어(加支漁/可支漁), 수우(水牛) 등으로 표기되었으며 울릉도 현지에서는 가지, 가제, 가재 등의 명칭으로 불리운 것으로 알려져 있다. 특히 가지, 가제 등의 명칭은 1950년대 독도수비대원들이 사용한 것은 물론, 1970~80년대까지도 국내에서 바다사자를 표기하는데 사용되어 1993년에 집필된 『한국동물원80년사 창경원편』에서도 창경원이 보유했던 캘리포니아바다사자 등 해외 바다사자 종을 캘리포니아가재라고 표기할 정도로 이 표기들은 오랫동안 사용되었다.
역사적으로 사용되었던 것이 확인되었으나 현재는 거의 사용되고 있지 않은 위와 같은 표기들과는 달리 오늘날 바다사자들을 칭하는데 사용되고있는 강치라는 명칭의 역사는 18~19세기 경에 집필된 오주연문장전산고(五洲衍文長箋散稿)의 일부인 『수피금모변증설』(獸皮禽毛辨證說)에서 사용된 것이 최초로 확인되어 그 역사가 짧은 것은 물론, 실제 내용 상에서도 함경도 지역에서 강치라고 부르는 동물과 울릉도에서 가제라고 부르는 동물은 다른 동물이라고 서술되어 있어 강치라는 명칭은 본래 바다사자보다 북방지역에 서식하는 큰바다사자나 북방물개 등의 다른 기각류 해양동물을 칭하는데 사용된 것으로 여겨지므로 독도에 서식했던 바다사자를 표기하는 데에는 정통성과 당위성 모두 뒤지는 강치가 아닌 정통성 있는 '가지' 또는 '가제'라는 표현을 사용하는 것이 옳다는 주장 또한 존재한다.
외국에서는 "Japanese sea lion"이라는 명칭으로 부르는데, 학자가 동해의 일본 연안에서 발견한 바다사자를 토대로 학계에 등록했기 때문이다.
강도 높은 공도 정책이 시행된 조선시대에는 독도와 울릉도 비롯한 동해 연안에 수만 마리가 서식하며 번창했다. 그러나 바다사자의 가죽과 고기(사료용으로 사용했다), 뼈 등을 얻기 위한 일본의 무분별한 남획과 개발로 인한 서식지 파괴로 수가 급격히 줄어 실질적으로 멸종됐으며 1970년대까지는 몇 마리가 남아있었던 듯하나 그 후로 목격되지 않았고 90년대들어 공식적으로 멸종으로 분류되었다. 일본은 1918년 조수보호법(鳥獸保護法)을 제정해 야생동물에 대한 밀렵을 규제했으나 해양포유류는 이 법의 보호대상에 제외되었으며 2002년에 이르러서야 법 개정으로 보호 대상에 포함될 수 있었다.
일본 정부에서는 독도 일대에 서식하던 바다사자의 남획과 관련해서 별다른 공식 코멘트 자체가 없으며 시마네 현과 같은 일부 일본의 지방에서는 바다사자를 자신들의 지역 마스코트로 사용하고 있다. 여기서는 바다사자 잡이에 대해서도 비교적 자세히 설명해 두고 있으나 남획과 같은 부정적인 부분을 배제하여 설명하는 점은 언제나 지적받고 있으며, 스기하라 유미코라는 극우 성향의 동화작가는 '강치가 있던 섬'(メチのいた島)이란 동화를 집필하여 바다사자와 일본인이 평화롭게 공존했다는 주장을 아이들에게 전파함으로서 일본인들의 바다사자에 대한 남획을 은폐하려 하고. 더 나아가서는 독도가 한국이 점거한 일본의 영토라는 주장을 퍼뜨리고있다.
바다사자가 서식했던 독도와 관련한 외교 분쟁이 첨예한 현 상황에서 일본은 한국이 독도를 요새화하는 과정에서 바다사자를 모두 멸종시켰다고 주장하고 있으며 국내 여론은 이를 일본측의 역사 왜곡으로 여기고 있으나, 실제로는 1947년 광복 후 첫 독도·울릉도 탐사 당시 독도를 방문한 울릉도·독도 학술 조사대에 의해 최소 3마리의 바다사자가 표본으로 포획되어 잡아먹히고 탐사에 참여했던 국어학자 방종현이 1947년 경성대 예과 신문에 실은 답사기 '독도의 하루'에서 "물개처럼 보이는 바다사자의 고기 맛은 돼지고기에 가깝고, 모피는 매우 반지르르하여 사용할 만했다"라고 기고하기도 했다.
또한 1953년부터 1956년까지 일본인의 독도 무단 침입 방지를 위해 독도에 주둔한 민간조직인 독도의용수비대의 대원들도 식량조달이 원활하지 않을 때 섬의 바다사자를 잡아먹었다고 증언하거나 포획한 바다사자 하나를 부산의 양키시장에 판매해 총기를 구매했다고 하는 등. 바다사자에 대한 대대적인 상업적 남획을 자행한 일본 측이 주장하는 것과 같은 한국 측의 대대적인 바다사자 사냥은 없었으나 아무르표범 등의 사례와 마찬가지로 야생생물의 보전에 대한 인식이 전무했던 당시 한국 정부 및 국민들이 일제강점기 이후에 독도 인근에 잔존한 바다사자 개체군을 보호·보전하지 않았던 흔적은 충분히 존재하기에, 한국 또한 독도 서식 바다사자 개체군의 멸종에 책임이 완전히 없다고 보기는 어렵다고 여겨진다.
독도 인근에 서식한 개체군 이외로는 1974년 홋카이도 북부 레분 섬에서 어린 개체가 포획된 것이 마지막 기록이며 1980년대 이전부터 이미 멸종된 것으로 추정되었고 1991년 일본환경청이, 1994년에는 IUCN이, 2011년에는 한국 정부가 바다사자의 멸종을 공인하였다. 같은 바다사자속(Zalophus)에 속한 현존하는 근연종으로 캘리포니아바다사자와 갈라파고스바다사자가 있으며 이 중 갈라파고스바다사자도 멸종위기에 처해있다. 일부에선 울릉도와 독도 일대에 서식했던 바다사자를 복원한다는 취지로 이러한 근연종이라도 들여와 독도에 방생하자는 의견도 있으며 해양수산부 등 정부 부처 차원에서 '강치 복원'의 방안으로 검토된 바도 있으나, 해당 종들은 바다사자와는 종 단위에서 차이나기 때문에 적절치 않다고 보여진다.
생존개체가 마지막으로 포획된 것은 1974년이나 목격담 자체는 80년대부터 2000년대까지 꾸준히 이어졌다. 그러나 사진이나 영상으로 남은 증거가 없고 일반인이 바다사자아과, 물개, 물범을 쉽게 구별하지 못한다는 점을 고려하면 물개나 큰바다사자, 물범 등 다른 기각류 종을 바다사자로 착각했을 것으로 여겨진다.
2020년 3월 9일, 울릉도에서 강치가 발견되었다는 보도가 나왔으나 확인결과 바다사자가 아닌 물개로 판명되었다.
