2월 하순 대구, 경북 지역을 필두로 코로나 전국 대량 확산이 현실화된 상황에서 '중국인 입국 제한을 하지 않는 것은 창문 열고 에프킬라를 뿌리는 것과 다름 없다'며 중국인 입국 제한 조치를 확대하라는 대한의사협회의 주장을 공개 거부했다. 그러면서 비유를 든답시고 겨울이라 모기가 없다고 발언을 해 여론의 빈축을 샀다.
이어서는 오히려 중국인보다 내국인이 코로나를 더 많이 퍼뜨린다는, 한국 정부의 장관이라기 보다는 중국측 당국자나 할법한 말까지 하여 큰 비판을 받고 있다. 특히 이번에 문제가 된 대구 지역의 슈퍼 전파자로 추정되는 31번 감염자의 경우에 (코로나의 존재가 확인된 2019년 12월 이래) 중국 등 해외에 나갔다 온 적이 없었는데도 코로나19에 걸린 것이기 때문에 더욱 문제적 발언이라는 지적을 받는다.
이후 미래통합당 정갑윤 의원이 '대한의사협회가 7차례 중국인 입국 금지조치를 건의했는데, 왜 시행하지 않는가'라고 묻자, 박 장관은 "의학적 관점에서 의협보다 대한감염학회가 더 권위 있는 전문가들이 모여 있다"며 "감염학회는 중국 전역에 대한 입국 금지를 추천하지 않았다"고 답했다. 실제로 이미 2월 2일 대한감염학회, 대한의료관련감염관리학회, 대한항균요법학회도 어디까지나 "위험지역 입국자에 대한 제한이 필요하다"며 "(감염) 사례 40%는 후베이성 이외 중국지역이므로 후베이성 제한만으로는 부족한 상황"이라고 설명하면서 입국자를 제한하는 위험지역을 후베이성 이외 지역으로 확대하는 정도였고, 전면 입국 금지는 오히려 역효과가 날 수 있다고 경고했다.
코로나19에 대한 대응에 힘써야 할 WHO조차 중국에 휘둘리는 모습을 보이고 있는 판국에, 박능후 장관마저 중국에 끌려다니는 모습을 보이자, 보건복지부와 박능후 장관을 향한 여론의 시선이 점차 싸늘해지고 있다.
